Se não estiver conseguindo desativar atualização automática do cPanel pelo WHM você pode

desativar editando o arquivo cpupdate.conf.

Faça login em seu servidor pelo terminal SSH ou use winscp.

Comando pelo SSH

nano /etc/cpupdate.conf 

Ou se preferir

vi /etc/cpupdate.conf

Vai estar dessa forma

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CPANEL=release

RPMUP=daily

SARULESUP=daily

STAGING_DIR=/usr/local/cpanel

UPDATES=daily

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Edite a linha UPDATES=daily

Ficando dessa forma UPDATES=manual

Feito isso salve está e pronto o cPanel não vai mais atualizar automaticamente.

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